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La villa de Cacahoatán fue fundada por los toltecas, su significado es “Lugar del cacahuate” o de “Los cacahoteros”. Su asiento anterior o primitivo estaba al otro lado del río Cahuacán. Dentro de la cabecera se encuentran ruinas prehispánicas; hay también ruinas admirables en Mixcum: pirámides y cimientos de origen tolteca en todo el Municipio.

Por su ascendencia tolteca, es también el antiguo origen del apellido Culebro, proveniente de las culebras, símbolo tolteca. Conserva la costumbre de celebrar el tianguis cada ocho días. Al independizarse Chiapas, era una pequeña aldea que posteriormente creció. A finales del siglo XIX, Manchinelli, de origen italiano, trajo las primeras plantas de café. El 16 de septiembre de 1908, se inauguraron dos fuentes en la plaza pública.

Por decreto del 1o de marzo de 1933, del gobernador Victórico R. Grajales, se elevó a Municipio de segunda categoría.